Nous sommes au Nippon Médiéval. C'est le printemps et la nature émerge doucement de son cocon hivernal. Comme chaque année, au village de Kamiki, le printemps est attendu pour le retour des beaux jours et pour les récoltes fructueuses. Mais cette année rien n'est comme d'habitude. Orochi, un dragon à huit tête millénaire à été libéré par un imprudent qui à brisé l'ancien seau qui maintenait la bête prisonnière. Ce monstre élu domicile dans une cave mystérieuse appelée Cave de la Lune près des Plaines de Shinshuu. De là, elle à récupéré ses forces et elle réussit à lancer une malédiction à tout le Nippon, plongeant le pays dans des ténèbres mornes et sinistres, faisant mourir la nature sous son emprise. Le village de Kamiki ne fut pas épargné et les habitants furent changés en statues de pierre. En parlant de statue, Sakuya, la déesse des Cerisiers et gardienne du Nippon perd progressivement ses forces à cause de ses arbres gardiens qui s'affaiblissent à travers le pays sous le nuage sombre d'Orochi. Elle parvint à rendre la statue de pierre gardant l'entrée de son sanctuaire vivante et celle-ci se vit incarnée par la Déesse du Soleil, Amaterasu, seul espoir de sauver le Nippon si elle parvint à réunir les treize pouvoirs des Kamis de la Nature et qu'elle réussi à restaurer ses pouvoirs grâce à la croyance des humains qui commencent à perdre la foi.

Après avoir rendu la vie à la statue de son sanctuaire, Sakuya explique qu'elle à enfermé l'esprit du village dans une pêche afin de le protéger. Amaterasu fit la rencontre d'un Korropokuru qui se fait appeler Issun, l'artiste errant qui faisait une sieste dans le kimono de la Déesse des Cerisiers qui s'évanouit dans un nuage lumineux. La louve s'élance alors à la recherche des pouvoirs du Pinceau Céleste des treize Kamis. Après avoir restauré le Dieu de la Renaissance, Yomigami et le Dieu des Armes, Tachigami, Amaterasu réussi à libérer l'esprit du village de Kamiki qui reprend alors vie à son tour. Sakuya lui dit de trouver les Dieux singes de la Flore afin de pouvoir redonner vie à ses arbres gardiens.

Mais les trois dieux manquent à l'appel. Où sont-ils passés ? Comment Amaterasu va-t-elle pouvoir sauver le Nippon sans le puissant pouvoir de Floraison pour l'aider ? Les Yokaïs d'Orochi vont-ils en profiter pour prendre le dessus ? Ca, c'est à vous d'en décider.